ecce - первый заход

Конечно, NWCHEM очень богат возможностями, но, к сожалению, несколько сложен для изучения.


Вот скачал ecce, графическую хренотень для собственно считалки. Кстати, чтобы ее скачать нужно быть сотрудником (постоянным) некоего академического заведения. Что интересно, у меня уже был аккаунт, я просто восстанови  пароль и все. Скачал архив на 100 мб.



В нем написанная на джаве гуевая прога. Плюс сервер, без которого она не запускается. Написать поведение по-умолчанию "запустить сервер, если его нет" - не написали, поэтому приходится запускать руками. Плюс нужно сорсить ecce_home в .bashrc.

Ну да ладно, вот мы запустились.

 
Попробуем органайзер

 
 правой кнопкой по домику с именем нашего пользователя - и создаем новый проект для потестить. В немсоздадим новое вычисление NWCHEM, ведь это уже естьв поставке визуализатора.

 
Теперь есть пять кнопок:

editor




buider

basis set tool

 

launcher



viewer



Вот что нам предлагает editor:

 
То есть по сути дела перейти к builder или basis set tool
Поэтому смело идем к builder

 
С ним ближе разберемся попозже, а сейчас просто выбрал кислород, установил его наполе для рисования, Build->add hydrogen
File->save
Закрываем "рисовалку"
Теперь молекула изображена, ее параметры написаны:

 
И хотя существует широко разработанный инструмент, позволяющий для каждого типа атомов настраивать свой базисный набор:

 
Мы просто выберем STO-3G с помощью "Quick Basis Menu"
Теперь можно настраивать параметры задачи:

 
Выбрал RDFT как theory
Я считаю, что все лучше считать direct, а не semi-direct методом, так как и так жесткие диски на кластере первыми умирают всегда.
Также можно добавить неявный учет растворителя (COSMO), я добавил воду:
 
 
Constrain Editor вызывает все тот же Builder, скоторым я еще не разобрался.
Final Edit дает посмотреть на то, что будет скормлено NWCHEM:

 
ПОЕХАЛИ (Launch):
Вот так выглядит launcher:

  Тут я уже все позаполнял, обязательно проверьте наличие работающего ssh-сервера в месте выполнения.

Запускаем,  файлы отправляются на удаленный сервер, в каталоге задача показывается как "в процессе выполнения"

 

К сожалению, предоставленная в комплекте с ecce версия nwchem не подошла:

 

Поэтому в лаунчере отменяем задачу, идем  Jobs-register machine.
меняем путь /home/nikita/work/ecce/3rdparty/rhel5-gcc3.2.3-m32/bin/nwchem
на работающий (сам качал, компиллировал, тестировал) /opt/nwchem6.0/bin/LINUX/nwchem

Снова запускаем, вот оно счастье!

 
Зеленый кружочек вместо желтого ромбика - что значит дело удалось.

Переходим к органайзеру, запускаем вьювер, выделив нашу заадчу:

  Во вкладке Geometry Trace можно даже кино смотреть :)